A Vízgyűjtő-gazdálkodási Tervnek megfelelően Magyarország évente meghatározott mennyiségi, kémiai (feltáró és operatív) monitoring programokat hajt végre.
A területi monitoring az állami és önkormányzati felelősségi körbe tartozó, a közérdek mértékével arányban álló részletességű és sűrűségű rendszer. A következő főbb elemekből tevődik össze:
- a környezetvédelmi és vízügyi igazgatási szervek által folyamatosan üzemeltetett rendszerek (pl. vízrajzi hálózat, rendszeresen vizsgált kutak), és a speciális rendszerek (pl. távlati vízbázisok vízrajzi hálózatba nem tartozó kútjai, felső-dunai monitoring)
- más állami szervezetek által folyamatosan üzemeltetett monitoring rendszerek, pl. SZTFH (korábban MBFSZ) megfigyelő kúthálózata és forrásmérései, NÉBIH Talajvédelmi Információs és Monitoring rendszer)
- települési önkormányzatok (elsősorban a városok) által végeztetett monitorozás.
A környezethasználati monitoring a hazai monitoring rendszer másik alrendszere, melyet a környezethasználók által végzett mérések, megfigyelések képezik. Ide tartoznak – többek között – a vízművek, az ipari üzemek, hulladéklerakók, egyéb szennyező források és szennyezett területek környezetében végzett mérések.
A Víz Keretirányelvhez fűződő víztest jellemzési feladatokhoz a területi és környezethasználati monitoring szinte összes elemére szükség van. Az „állapotértékelési monitoring” nemcsak a hagyományos értelemben vett észleléseket (vízmennyiség és vízkémia) kell, hogy tartalmazza, hanem a felszín alatti vizeket érintő minden környezethasználat monitorozását is, függetlenül attól, hogy természetes (pl. felszín alatti víztől függő ökoszisztéma - FAVÖKO), vagy mesterséges (pl. talajvízdúsítás, szennyvíz-elhelyezés).
Az állami monitoring rendszer üzemeltetői a 12 vízügyi igazgatóság (továbbiakban VIZIG), a 7 megyei Kormányhivatal Népegészségügyi Főosztályai és regionális laboratóriumai (továbbiakban KH-LAB), valamint a Szabályozott Tevékenységek Felügyeleti Hatósága, amely 2022-től vette át a Magyar Bányászati és Földtani Szolgálat (MBFSZ) monitoring feladatait. Szakmai koordináló szervezet az OVF, irányító a vízvédelemért felelős belügyminiszter és a kormányhivatalok irányításáért felelős Miniszterelnökséget vezető miniszter.
Az állam által üzemeltetett EU VKI jelentési monitoring állomások törzsállomásként kerülnek nyilvántartásba vételre, mivel ezek észlelése kötelező. Az üzemi hálózatba kell beilleszteni az EU VKI jelentési monitoringba be nem vett, pl. a távlati vízbázisok megfigyelését szolgáló, PHARE, vagy egyéb kutakat, amelyeknek észlelése nem kötelező.
Minden állami észlelésű objektumnak rendelkeznie kell vízügyi objektum rendszámmal (VOR) és törzsszámmal, amely külön mennyiségi, vagy külön kémiai állomásazonosító. A VOR azonosítók és a törzsszámok országosan egyediek.
Az EU VKI monitoringba bevont környezethasználók (vízművek, fürdők, üzemek, stb.) létesítményeinél működő kutakat az üzemeltetők kötelesek mérni és megküldeni az eredményeket a vízgazdálkodási adatszolgáltatás (VH-FAV adatlap) keretén belül. A VIZIG feladata az adatgyűjtés megszervezése és ellenőrzése, ha szükséges, az I. fokú vízügyi és vízvédelmi hatóság segítségével.
A vízügyi igazgatóságok az vízgazdálkodási adatszolgáltatással kapcsolatos adatgyűjtések beküldésével egyidejűleg a tárgyévi adatszolgáltatások tapasztalatairól általános összefoglalóban számolnak be az OVF felé. A jelentésnek kiemelten kell foglalkoznia az EU VKI monitoringhoz tartozó kutak állapotával, a felügyeleti és operatív program szerinti komponenskör szerinti gyakorisággal és az elemzések meglétével és minőségével. A területi összefoglalók alapján az OVF általános összefoglaló jelentést küld a Belügyminisztériumnak.