A mérési tevékenység során keletkezett adatok több lépcsős ellenőrzési és feldolgozási folyamaton mennek keresztül, amelynek végső eredményeként kerülnek be a vízrajzi adatok adatbázisába.
Az észlelt adatok elsődleges rögzítése az Igazgatóság területi szerveinél, a Szakaszmérnökségeknél történik meg. Ugyanitt kerülnek be az adatbázisba a regisztráló műszerekből kinyert adatsorok és az ellenőrző adatok is.
A feldolgozás következő folyamata az észlelt adatok kontrol rögzítése, amely megoldás így lehetővé teszi a gépelési hibák elkerülését vagy csökkentését. Ezt a folyamatot az ágazati szoftver is támogatja. A területi felelős az állomáson rendelkezésre álló különböző adatsorokat összeveti, azokat rangsorolja, elvégzi a szükséges javításokat, módosításokat, területi vagy hosszmenti ellenőrzést végez, majd a redundáns adatoktól való megtisztítást követően a feldolgozott adatsort elmenti az adatbázisba. Az adatok kezelésének módját és az adatfeldolgozás menetét előírások szabályozzák, amely folyamatot a szakágazati program is támogatja.
A felszíni állomások esetében a vízállás adatok feldolgozásával párhuzamosan történik a vízhozam adatok feldolgozása. Utóbbi esetében a havi – vagy hidrológiai esemény függvényében gyakrabban – elvégzett vízhozammérések eredményeiből vízállás-vízhozam összefüggés készül. Ez lehetővé teszi, hogy az adott szelvényben mért bármilyen előfordult vízállás esetén meghatározható a szelvényben az adott pillanatban átfolyó vízhozam mennyisége. A vízhozam adatsor minden esetben olyan gyakoriságú, amilyen a vízállás adatsor adatsűrűsége.
A vízállás-vízhozam összefüggések lehetnek „egyszerű” kapcsolatok – úgynevezett QH görbék – a vízállás és a vízhozam között (kétváltozós függvény) vagy az adott folyószakasz esésviszonyaitól függő – úgynevezett KH görbék – összefüggések (háromváltozós kapcsolat). Esésfüggő görbéket a vízfolyások duzzasztott szakaszain (pl. a Tiszán Tiszalapkonya térsége és a Bodrog teljes hazai szakasza).
Az adatbázisban eltárolt – jellemzően hosszú idejű – adatsorokból különböző statisztikai adatok képzése hajtható végre. Meghatározhatók a szélsőértékek, különböző időszakokra vonatkozó átlagértékek vagy valószínűségi értékek. Ezek az adatok felhasználhatók tervezésekhez, elemzésekhez, előrejelzéshez vagy a vízkészletgazdálkodási feladatok támogatása céljából.
A vízrajzi adatok nem csak adatbázisban kerülnek letárolásra, hanem a hagyományokat őrizve egy éves kiadványban nyomtatott formában is megtörténik az adatok közzététele. Ez a kiadvány a Vízrajzi Évkönyv, amely a törzsállomások adatait, adatsorait és jellemző statisztikai adatait tartalmazza. A Vízrajzi Évkönyvek adatai már digitális formában is elérhetőek és megtekinthetőek.